Бо назардошти хавфи паҳншавӣ ва зарароварии малахҳо ба зироатҳои кишоварзӣ, боғу токзор, чарогоҳу ҷангалзорҳо дар Тоҷикистон соли 1932 Экспедитсияи махсуси мубориза зидди малах, ки аз буҷети давлатӣ маблағгузорӣ мешуд, ба фаъолият оғоз намуд. Экспедитсияи мазкур солҳои дароз ба ҳайати «Тоҷикселхозхимия» (баъдтар ҶСШК «Тоҷикдеҳоткимиё») то соли 2003 шомил буд. Пас аз барҳам хӯрдани ҶСШК «Тоҷикдеҳоткимиё» фаъолияти экспедитсияи мубориза зидди малах низ қатъ гардид. Соли 2004 дар ҳайати муассисаи давлатии муҳофизати растаниҳо ва химиконӣ шӯъбаи мубориза зидди малах дар ҳайати се нафар мутахассис ташкил ёфт. Соли 2007-2009 дар натиҷаи хушксолӣ ва хурӯҷи малах дар ноҳияҳои ҷануби Ҷӯмҳурии Тоҷикистон паҳншавӣ ва зарари малах ба қайд гирифта шуд. Бо назардошти вазъияти якбора зиёдшавии масоҳати паҳнгаштаи малах ва ҷиҳати пешгирии паҳншавии он бо қарори Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон корхонаи ҷумҳуриявии воҳиди давлатии «Мубориза бар зидди малах» таҳти №595 аз 30.10.2007 таъсис гардид. 

Вазъи пайдоиш ва паҳншавии малах тайи солҳои охир дар ҷумҳурӣ ба инобат гирифта шуда, бо қарори Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 30 апрели соли 2016, №194 Корхонаи ҷумҳуриявии воҳиди давлатии «Мубориза бар зидди малах» ба Муассисаи давлатии «Экспедитсияи мубориза бар зидди малах» табдил дода шуда, ба номгӯи ташкилотҳои ғайритиҷоратии Вазорати кишоварзии Ҷумҳурии Тоҷикистон шомил карда шуд.

Бо мақсади амалӣ намудани қарори Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 30 апрели соли 2016, №194 бо фармоиши Вазорати кишоварзии Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 25.05.2016, № 56 Оиннома ва сохтори Муассисаи давлатии «Экспедитсияи мубориза бар зидди малах» тасдиқ карда шудаанд.

Бо қарори Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 31 августи соли 2012, №477 «Дар бораи организмҳои зараррасони махсусан хавфнок» малах дар сархати якуми замимаи қарори зикргардида дохил карда шудааст.

Муассисаи давлатии «Экспедитсияи мубориза бар зидди малах» фаъолияти худро дар асоси Қонуни Ҷумҳурии Тоҷикистон «Дар бораи муҳофизати растаниҳо» аз 16-уми апрели соли 2012, №817 ва дигар санадҳои танзимкунандаи соҳа амалӣ менамояд.