КВД  «Моҳии Тоҷикистон» аз солҳои 70-ум то 1981 –уми асри гузашта ҳамчун Раёсати хоҷагии моҳипарварӣ (Управление рыбного хозяйства) фаъолият мекард.  Баъдан бо қарори Госагропроми Ҷумҳурии Тоҷикистон таҳти №623 аз 03.10.1988-то  апрели соли 1992 ҳамчун Иттиҳодияи Истеҳсолии «Моҳипарвар» дар назди Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон (Произвоственное Объядинение «Таджикрыба» при Правительстве Р Т) фаъолият дошт. Бо Қарори Девони Вазирони Ҷумҳурии Тоҷикистон 10.04. 1992, №001-1062 то соли 2007 ҳамчун Иттиҳодияи Истеҳсоли Ҷумҳуриявии «Моҳипарвар» (РПО) «Моҳипарвар» ба қайд гирифта шуда, аз 24.06. 2004, №001-1062 «А» то ин ҷониб ҳамчун Корхонаи воҳиди давлатии «Моҳии Тоҷикистон»-и Вазорати кишоварзии Ҷумҳурии Тоҷикистон дар Вазорати адлияи Ҷумҳурии Тоҷикистон ба қайд гирифта шудааст.

Дар асоси Қарори Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон таҳти №123, аз 3 марти соли 2001  «Дар бораи тадбирҳои барқарорсозии соҳаи моҳипарварӣ дар Ҷумҳурии Тоҷикистон» оиди ҷудо намудани заминҳои корами обӣ барои хӯрокаи моҳӣ ба хоҷагиҳои моҳипарварии ҶСК «Парвариши моҳии хушзот»-и шаҳри Панҷикент-100 га, ҶСК «Парвариши моҳии хушзот»-и ноҳияи А.Ҷомӣ-400 га, ҶСК «Гули Сурх»-и ноҳияи Дӯстӣ-100 га , Хоҷагии давлатии моҳипарварии «Чубек»- ҷудо карда шудааст. 

Дар асоси ҷадвали корбасти вазифаҳо КВД «Моҳии Тоҷикистон» бо 6 вазифаҳои корӣ аз тарафи Вазири кишоварзӣ соли 2020 тасдиқ гардидааст, ки ба ҳолати 01.01.2021 -5 нафар корманд фаъолият доранд.

Корхонаи воҳиди давлатии «Моҳии Тоҷикистон» барои сифати маҳсулоти тозаи экологӣ аз ҷониби Комиссияи байналмилалии интихобӣ дар Мадрид  (Испания) тсолҳои 2002, 2003 ду  маротиба ба гирифтани мукофоти баланд «Ситораи платинӣ»мушарраф гардид. Корхона барои технологияи истеҳсолот дар соли 2003 бо мукофоти байналмилалии «Тоқи тиллои Аврупо» қадр карда шуд. «Моҳии Тоҷикистон», инчунин барои мутобиқшавии бомуваффақият ба шароити тез тағийёбандаи иқтисоди бозорӣ ба мукофоти «Пешсафи соҳа» Crystal Earthmaker шарафманд гардидааст.